Schon im Dezember 1934 hatte sich die Kreisleitung der NSDAP an das Be­zirksamt Garmisch mit dem Hinweis gewandt, dass Pfarrer Ernst Lipffert von der Jo­hannes-Ge­meinde Partenkirchen mit einer Frau „nicht arischer Abstammung“ verheiratet sei. Außerdem, so wurde weiter kritisiert, habe er bisher noch kei­nerlei Beweise dafür erbracht, „dass er die nati­onalsozialistische Bewegung in irgendeiner Form unterstützt“. NS-Kreisleiter Hart­mann sah in der Haltung von Lipffert „eine bewusste gegnerische Ein­stellung gegen die derzeitige Staatsform und die nationalsozialistische Bewe­gung.“[21] Am 10.01.1936 erging daraufhin durch das Kultusministerium Mitteilung an das Direktorat der Realschule und des Progymnasiums Garmisch-Partenkirchen, dass rückwirkend zum 1. Dezember 1935 „Pfarrer Lipffert von der Erteilung des evang.-luth. Religionsunterrichts an der Anstalt in 6 Wochenstunden unter Einzug der hiefür bewilligten Vergütung enthoben“ worden sei. Die Erteilung des evangelischen Religionsunterrichts wurde dem Pfarramtsverweser Wil­helm Schmerl übertragen. Dessen arische Abstammung “wolle noch festgestellt wer­den.“[22]

Etwa zwei Drittel der Lehrer waren Mitglieder der NSDAP. Der NSV gehörten fast alle an, in der SA taten sechs Dienst, einer als Schulungsleiter. Im NSLB waren, von einer Aus­nahme abgesehen, alle Lehrer vertreten. Bei der Hygiene-Ausstellung „Blut und Rasse“ in Garmisch übernahm ein Studienprofessor die Führungen mit rassekundlichen und erbbiologischen Erläu­terungen für die NS-Frauenschaft. Ein als umsichtig und er­folgreich charakterisierter Lehrer war als Leiter eines 10-tägi­gen nationalpolitischen Lehrgangs in Schloss Kranzbach tätig.[24]

Der Schulleiter rügte erneut die vielfachen politisch bedingten Abwesenheiten der Schüler vom Unterricht, auch bei hochsensiblen Themen. So meinte er in der Lehrer­ratssitzung vom 12. Mai 1937, die „An­stalt sei nicht in der Lage, 8 Wochen lang jeden Unterricht aus­fallen zu lassen, um nur Vierjahresplan zu treiben.“[25] Und nur vier Wochen später ging der Antrag an das Kultusministerium, „für dieses Trimester von einer Beno­tung der Schüler absehen zu dürfen.“ Begründet wurde dieses Gesuch mit der Kreista­gung der NSDAP samt den nötigen Vorarbeiten und schließlich mit der Teilnahme von fast der Hälfte aller Schüler am HJ-Bannla­ger. Das Staatsministerium gab dem gestell­ten Ansuchen statt.[26]